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CHAÎNE DE PROGRAMMES INFORMATIQUES UTILISES POUR ...
CHAÎNE DE PROGRAMMES INFORMATIQUES UTILISES POUR
LE TRAITEMENT DES MENSURATIONS EFFECTUÉES AU
Alain
CAVERIVIERE
PORT DE DAKAR SUR LES ESPÈCES DÉMERSALES
DÉBARQUÉES PAR LES CHALUTIERS
ARCHIVE
C E N T R E OE R E C H E R C H E S OCÉANO6RAPHIQUES D E D A K A R - TIARQYE
No 147
* I N S T I T U T S É N É G A L A I S D E R E C H E R C H E S A G R I C O L E S rl,
M A I 1986
CHI~!NE DE PROGRAMMES INFORMATIQUES UTILISÉS POUR LE
TRAITEMENT DES MENSURATIONS EFFECTUÉES AU PORT DE T3A!(AR
SUR LES ESPÈCES DÉMERSALES DÉBARQUÉES PAR LES CHALUTIERS
CAVERIVICRE Alain
R E S ST M E
L'article décrit le système de traitement informati-
que employé au Centre de Recherches Océanographiques de
Dakar-Thiaroye pour transformer les mensurations d'6ch,v-
tillons,pris au port sur les espèces démersales débarquées
par les chalutiers, en distributions par période
et zone
de pêche pondérées par les prises.
A B S T R A C T
This paper describes the computer processing system
in use at the Oceanographic Research Center of Dakar+.Lilia-
roye for the transformation of the samples size frequency
data, collected at the port on demersal species landed by
trawlers,into length distributions raised to total catch
by periods and areas.
I N T R O D U C T I O N
Depuis 1973 le Centre Océanographique de Dakar-Thiaroye collecte de fa-
c;on systématique des mensurations de poissons et crevettes réalisées par ses
agents dans les différentes usines de transformation de Dakar. Ces mesures
concernent les principales espèces débarquées par les chalutiers et
elles
sont ensuite codées sur un bordereau (annexe 1) dont la description a déjà
été effectuée dans un rapport interne(l). Les données sont ensuite saisies
sur disquettes puis traitées à l'aide d'un ordinateur IBM, en quatre temps,
afin d'aboutir à des distributions de fréquence pondérées par la prise des
chalutiers.
1 .
T R A I T E M E N T
D E S
M E N S U R A T I O N S
A V A N T
P O N D E R A T I O N
1.1. PROGRAMMES MSUCTR, TRICOM, MSUPOI, PRBINl
Dans un premier temps (fig. 1) Le contenu des disquettes est transféré
sur disque et contrôlé par le programme MSLJCTR (langage COBOL) exécuté par
1'EXEC XMSUCTR(2). Ce programme (annexe II) vérifie que la somme des fré-
quences des différentes classes est égale à la fréquence totale indiquée
sur le bordereau ; il détecte également les impossibilités pouvant survenir
dans le codage du mois, du secteur et dans la séquence des cartes suites.
On notera que certaines erreurs, en particulier certains décalages de colon-
nes dans la saisie des données, ne sont pas détectées par le programme de
vérification, un contrôle visuel soigneux est toujours nécessaire.
Les fichiers disque sont nommés MENSU 1 à MENSU (x) DATA, ils sont
ensuite réunis en un fichier MENSUT DATA.
TRICOM est un simple tri successif des données sur les ensembles :
AN-MOIS, FAMILLE-ESPECE, JOUR-MAREE-BATEAU, SEXE, MOULE, CARTE SUITE. Le
tri est ascendant sauf pour les cartes suite.
Le nouveau fichier trié s'appelle
MENSUT SORTOUT.
Ensuite le programme MSUPOI (annexe III) calcule le poids des échantil-
lons de fréquence des principales espèces.
Il utilise différentes rela.tions
taille- oids, de la forme log P(g) = log a + b log L,issues des travaux du
CRODT(3 .
P Les valeurs de a et de b sont données dans le tableau 1. Le pro-
gramme MSUPOI imprime des-messages d'erreurs quand le poids calculé est in-
férieur à 1 kg ou supérieur à 200 kg pour les poissons et quand le poids
d'un échantillon de crevettes est supérieur à 10 kg. Il faut alors vérifier
la taille de la première classe ou la valeur de l'incrément. Quand une espèce
n'a pas de relation taille-poids connue la mensuration est conservée sans
modification. Toutes les mensurations,
avec les poids calculés ou non, sont
placées par le programme dans un fichier binaire nommé MENSPOT DATA. Ce fichier
(1) Traitement informatique standard des statistiques de pêche au CRODT.
Première étape. Rapport interne, juillet 1979.
(2) L'EXEC de tous les programmes porte le nom du programme précédé de
la lettre X, nous ne rappellerons donc pas le nom des EXEC dans la suite du
texte. En toute rigueur on devrait parler de fichier commande et non d'EXEC.
(3) La plupart se trouvent dans le document scientifique référencé
FRANQUEVILLE C. et FREON P., 1976 : Relations poids-longueur des principales
DEn.?s,poE A.2 ?-,n; cTe7n3-s" .n.tr:n.-. 2.. PC,<-", onnnm 7. 0 --
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T R I C H A
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M S U P O I
F i g u r e l.- Traitement des mensurations avant pondération,
4
ESPECE
Arius gambiensis
A r i u s sp.
Ga Zeoides decaductylus
Epinephe 224s aeneus
Pomadasys incisus
Pomadasys jubelini
Pomadasys peroteti
Diagranuna medi terraneus
Umbrinu canariensis
PseudotoZithus elongatus
Pseudotolithus typa
Pseudotolithus senegalensis
Pseudupeneus prayensis
Dentex canariensis
Dmtex macrophthaZmus
Dentex ango Zensis
Pagellus ,hrLlot:tii
Pagrus i?aeJ% !~eccstictus
Drepane africana
BrotuZa baxbata
cynogzossus canariensis
Cynog7vr,sOqs monodi
Cynog Zossus senega lensin
Penams
duorarum S
Tableau I.- : Relations longueur-poids de la forme
log P (g) = log a + b log-L
(1) LF = longueur à la fourche caudale ; LT = longueur totale
Lc: = longueur céphalothoracique
5
peut être lu et imprimé ou visualisé par l'exécution de PRBTNl (ou PREINlA
pour une année choisie ; il en sera de même par la suite pour les autres pro-
grammes de lecture).
1.2. PROGRAMMES CHAMSl, TRICHA, PRBIN2
Le programme CRAMSI prépare la pondération des mensurations par la prise
des chalutiers d'où elles proviennent en ajoutant à chaque enregistrement le
code de l'espèce utilisé pour les statistiques chalutières. Le tableau II
donne les correspondances entre les codes espèces utilisés pour les mensu-
rations et ceux utilisés pour les statistiques. On remarquera qu'un même
code statistique correspond souvent à plusieurs espèces qui ne sont pas
séparées au débarquement. Le programme charge les enregistrements modifiés,à
l'exception de ceux correspondant à des espèces n'ayant pas de code statis-
tique, dans un fichier binaire nommé MENSPOIP DATA qui peut être lu par le
programme PRBIN2.
Pour préparer la pondération,le fichier MENSPOIP DATA est ensuite trié
par TRICHA dans l'ordre : ANNEE, Na MAREE, CODE ESPECE STATISTIQUE, CODE
ESPECE MENSURATION, SEXE, MOULE, CARTE SUITE. Le tri est ascendant sauf
pour le module CARTE SUITE. Le fichier binaire MENSPOIP SORTOUT résultant
peut également être lu par PRBIN2.
2
. T R A I T E M E N T
D E S
S T A T I S T I Q U E S
D E
P R I S E S
2.1. PROGRAMMES CHAMJZG, PRBIN3
Les prises par espèce pour chaque marée sont contenues dans des fichiers
binaires nommés ESPI DATA à ESP(34) DATA qui contiennent chacun les données
pour une "espèce" statistique et qui sont créds à partir des fichiers statis-
tiques initiaux STADEM DATA par une série de programmes (fig. 2) que nous ne
détaillerons pas ici car il ne s'agit pas de programmes spécialement créés
pour lc traitement des mensurations. Ces "espèces" correspondent aux appel-
lations commerciales utilisées lors de la vente des prises capturées par les
chalutiers. Le programme CHAMEG regroupe (fig. 3) les espèces qui nous inté-
ressent pour les mensurations (cf. tab. II) en un fichier binaire MEGASP DATA
qui peut être lu par PRBIN3.
2.2. PROGRAMMES TRIMEG, SOMPOI
Lc; fichier MEGASP DATA est ensuite trié par TRIMEG dans l'ordre successif
as cenda nt : AN,MAREE, ESPECE STATISTIQUE. Le fichier résultant se nomme MEGASP
SORTOLJT. Comme pour une marée donnée,une espèce statistique a pu être codée
plusieurs fois lorsque la quantité débarquée a été trop importante pour être
indiqutde sur un seul enregistrement, il est nécessaire d'effectuer une som-
mation des poids dans ces cas. C'est ce qu'effectue le programme SOMPOI; le
fichier binaire résultant s'appelle MEGAST DATA. MEGASP SORTOUT et MEGAST
DATA peuvent être lus par PRBIN3.
CODE
CODE
APPELLATION
SPECIFIQUE
STATISTIQUE
-
-
-
COMMERCIALE
Arius gambiensis
1202
17
Machoiron
Arius sp,
1204
17
Machoiron
Galeoides decadactylus
2203
31
Thiekem
E;-inephelus aeneus
3015
32
Thiof
3500
29
Sompatt
Pomadasys sp. ou spp.
3506
29
Sompatt
3507
29
Sompatt
Pomadasys jubelini
3502
29
Sompatt
Pomadasys rogeri
3503
29
Sompatt
Pomadasys peroteti
3504
29
Sompatt
Diagramma mediterraneus
3509
14
Dorade grise
Pseudotolithus typus
3910
0 5
Capitaine
Pseudotolithus senepalensis
3912
05
Capitaine
Dentex canarien&
4504
15
Dorade rose
Dentex macrophthalrttus
4507
15
Dorade rose
Dentex angolensEs
4510
15
Dorade rose
Pagellus X)c:ll‘otkii
4517
20
Pageot
Pagrus ccwmtleoskictus
4524
15
Dorade rose
%3~S SPP*
4526
15
Dorade rose
Drepane a fricana
490 1
21
Disque
BrotuZa bczrbata
5601
03
Brotule
Cynog lossus sp,
7600
27
Sole langue
Cyînoglossus canariensis
7602
27
Sole langue
Cynog iOSSUS monodi
7604
27
Sole langue
Cynoglossus :;ezegaZen:;is
7605
27
Sole langue
Penaeus duorarum
8401
12
Crevette blanche
Tableau II.- : Correspondances entre les codes espèces des mensurations et ceux
des statistiques de prises.
STADEM
6DATA
l-l
K-A B
J
cou
El
. /
ESPl
6 ESP 26 a - - - -
D A T A
D A T A
Figure 2.- Création des fichiers binaires ESPl à ESP34 DATA
E
r-l
CHAMEG
El
TRIMEG
cl
SOMPOI
Figure 3.- Traitement des statistiques de prise.
9
3 .
P O N D E R A T I O N D E
C H A Q U E
M E N S U R A T I O N
P A R L A
P R I S E D E
L A
M A R E E
PROGRAMMES (CHAMS2, PRBIN4)
Les pondérations sont effectuées par le programme CHAMS2 (annexe IV)
qui met en parallèle les deux fichiers MEGAST DATA et MENSPOIP SORTOUT (fig.
4).
Le programme commence par réunir en une seule mensuration celles qui
ont été faites en séparant les sexes. Les mensurations réalisées au demi-
centimètre par défaut sont regroupées en centimètres.
La pondération consiste à multiplier chaque élément de la distribution
de fréquence (espèce i, marée j) par un facteur k, ce facteur étant le quo-
tient du poids débarqué (espèce i, marée j) divisé par le poids total des
poissons mesurés (espece i, marée j). Le programme écrit aussi un certain
nombre de messages d'erreurs, les principaux étant :
- "Erreur de code suite"
- "Cumul de classes décalées"
- "Je ne trouve pas l'espèce x dans la marée y"
- "Je ne trouve pas cette marée".
Les deux premiers messages correspondent le plus souvent à deux mensu-
rations distinctes de la même espèce pour une même marée, ceci du fait d'une
erreur de codage sur l'espèce, ou sur la marée, ou sur un élément du tri qui
fait qu'une carte suite est prise pour une mensuration distincte de la pre-
mière carte. Les deux derniers messages ne sont pas des erreurs à proprement
parler ; l'espèce mesurée correspond bien à la marée mais la prise est fai-
ble et n'a pas été comptabilisée pour une raison ou pour une autre dans les
déclarations de capture. Naus avons alors considéré que la mensuration cor-
respond à la prise totale et donné en conséquence la valeur 1 au coefficient
k, Le même raisonnement conduit également à donner à k cette valeur quand le
rapport poids débarqué sur poids échantillonné est inférieur à 1,
Enfin, pour éviter qu'une petite mensuration prenne trop d'importance
dans la suite des traitements du fait d'un coefficient k très élevé, CHAMS2
Glimine les mensurations égales ou inférieures à 10 individus quand k est
supérieur à 200.
Le programme transfère les mensurations pondérées dans un fichier binai-
re nommé MENSTAT DATA qui peut être lu par le programme PRBIN4.
IL est important de noter que lorsque le code statistique regroupe plu-
sieurs espèces de poissons, la pondération pour une de ces espèces conduit
a surestimer le nombre de poissons débarqués de cette espèce.
Une autre remarque concerne les codes suites qui sont transformés en
un ordre ascendant commençant toujours par 1.
1 0
MEGAST
6
NSFOI
6
DATA
S O R T
.
cl
CHAMS 2
MENSTA
6
SORTOU
I
Figure 4.- Pondération des mensurations, calculs et présentations
des résultats
1 1
4 .
C A L C U L S E T
P R E S E N T A T I O N
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R E S U L T A T S
(PROGRAMMES TRIFREQ, FREQ, FREQBEN)
4.1. PROGRAMME TRIFREQ
Préalablement au passage des programmes
FREQ ou FREQBEN le fichier MENSTAT
DATA doit être trié par TRIFREQ dans l'ordre ascendant des valeurs suivantes :
FAMILLE, ESPECE, ANNEE, MOIS, No MAREE, CODE SUITE. Le fichier binaire résultant
se nomme MENSTAT SORTOUT et peut être lu par PRBIN4.
4.2. PROGRAMME FREQ
Le programme FREQ (annexe V) calcule les fréquences de tailles rapportées
aux captures totales pour les différentes espèces. Les résultats sont pre-
sentés au choix par mois, trimestre, année, pour un ou plusieurs secteurs
regroupés ou non.
4.2.1. Paramétres en entrée du programme FREQ.
LC programme a besoin en entrée, avant le fichier MENSTAT SORTOUT, des
valeurs des captures totales des espèces par mois et zone. Ces valeurs sont
contenues dans un fichier nommé JCLMSU DATA constitué de x blocs de 7 enre-
gistrements (annexe VI). Le premier enregistrement contient les codes
FAMILLE-ESPECE, ANNEE (FORMAT 212,1x,12) correspondant au bloc; il est suivi
de trois groupes de deux enregistrements qui correspondent chacun 5 un secteur
Le premier enregistrement de chaque groupe indique le numéro du secteur suivi
des prises des six premiers mois en kg; ce numéro (colonnes 3 et 4) est pré-
cédé en première colonne de la lettre S, (FORMAT A4, 618) ; le deuxième en-
registrement contient les valeurs des prises pour les six autres mois. Les
blocs que l'on souhaite utiliser pour un passage du programme FREQ seront
transférés du fichier JCLMSU DATA dans 1'EXEC XFREQ en "cartes" paramètres.
Il est important de noter que pour une espèce les blocs de 7 enregistrements
doive& être placés dans un ordre annuel croissant; il en est de même pour
l'ordre des espèces si l'on désire en traiter plusieurs lors d'un passage
de FREQ,
Il faut aussi indiquer en paramètres les mois et secteurs pour lesquels
l'on souhaite imprimer les résultats et les regroupements à ef-
fectuer. Pour cela chaque bloc précédemment décrit doit être suivi d'un
certain nombre d'enregistrements (cf. annexe VI) indiquant les périodes et
7Les secteurs qui sortiront en impression. Chacun de ces enregistrements, de
FORMAT (12, 1X, 31l),contient :
- le code de la période sur les deux premières colonnes (01 à 12 pour
les mois, 21 à 24 pour les trimestres, 30 pour l'année),
- le code des secteurs, soit 0 ou 3 (Casamance) en colonne 4, 0 ou 4
(:Petite Côte) en colonne 5, 0 ou 5 (Grande Côte) en colonne 6, les regroupe-
ments s'effectuant quand plus d'une des colonnes 4 à 6 est différente de 0.
Le début d'un ensemble de "cartes" mois-secteurs, est indique par une
"carte" portant la lettre F en colonne 1, la fin de l'ensemble est indiquée
par une "carte" portant le code 99 sur les deux premières colonnes (cf.
annexe VI). Un même ensemble de "cartes" mois-secteurs qui peut atteindre
102 lignes (chaque mois pour chaque secteur et tous les regroupements pos-
sibles sauf secteurs non contigus) étant amené à se répéter en enregistre-
ments paramètres après chaque bloc "espèce-année-prises"pour un passage du
1 2
programme FREQ, ces ‘“Cartes” f orneront un fichier MOISECT DATA qui pourra
être appel6 par 1’ EXEC autant de fois que necessaire.
la fin de 1’ ensemble des enregistrements en paramètres est indique par
une “carte” portant le code 99 comme pour un ensehle mois-secteur, c’est à
dire que deux “cartes” 99 qui se suivent indiquent la fin des enregistrements
en paramètres (cf. annexe VI).
Signalons enfin
qu’il existe un programme FREQZ qui permet de grouper
les mensurations des espèces ayant la même appellation commerciale (ex. les
Pomadasys jubelini et P. peroteti qui sont vendus sous le nom de Sompatt).
Ce programme utilise urf ichier présenté différemment que MENSTAT SORTOUT; il
est obtenu par TRIFREQ2 qui trie les données dans l’ordre ascendant suivant :
FAMILLE, ANNEE, MOIS, No MAREE, ESPECE, CODE SUITE.
4.2.2 .Mode opératoire des calculs effectués par le programme FREQ
-
Nous ne rentrerons pas dans le détail de.s calculs qui peut être retrouvé
à partir du listing du programme donné en annexe. Nous indiquerons seulement
qu’une sommation des fréquences contenues dans le fichier MENSTAT SORTQUI’
et déjà pondérées par les prises des marées concernées - est effectuée pour
chaque mois et chaque zone, même si l’impression de ce mois et de cette zone
n’a pas été demandée. Le résultat est à nouveau pondéré par le rapport de la
prise totale ‘toutes marées”pour cemois et ce secteur sur la somme des prises
des marées où il. y a eu un échantillon mesuré. Pour les regroupements un
deuxième facteur de pondération est calculé, le numérateur est alors la somme
des prises enregistrées en paramètres qui correspondent au regroupement désiré,
le dénominateur correspond aux prises totales des mois et secteurs oil il y a
eu des mensurations. Par conséquent, si pour un mois et une zone donnée il n’y a pas
eu de mensuration, la prise de ce mois sera quand même comptabilisé dans
les regroupements et les fréquences seront sensées représenter le nombre
réel de poissons débarqués.
4.2.3. Résultats en sortie du programme FREQ.
-
-
P()ur les impressions des périodes et secteurs demandés
en paramètres,
le programme écrit (annexe VII) :
- la famille et l’espèce (en code),
- 1’ a nnée,
- la période (en code),
- la prise totale débarquée (en kg),
- le facteur de pondération (dont le mode de calcul est variable suivant
qu’ il s’agisse d’ un regroupement ou non, cf. ci-dessus),
- le nombre d’échantillons pris en compte,
- la moyenne des fréquences pondérées,
- l’écart-type de cette moyenne,
- La moyenne des mesures, c’est à dire la moyenne de taille des individus
réellement mesurés (pas de pondération),
- un tableau avec les classes de fréquence en cm (cm par défaut, du plus
petit poisson mesuré au plus grand), les fréquences pondérées et leurs pourcen-
tages, le nombre réel de poissons mesurés.
4.3. LE PROGRAMME FREQBEN
Il est similaire au programme FREQ mais les tableaux des pourcentages
des distributions des fréquences pondérées sont présentés sous forme de gra-
phiques (annexe VIII) dessinés par le traceur BENSON. Les enregistrements
1 3
paramètres présentent cependant une modification par rapport à ceux de FREQ.
Un enregistrement suppl.émentaire prend place entre 1’ enregistrement F et le
premier enregistrement des mois-secteurs (cf. annexe VI). Cet enregistrement
porte les tailles de début et de fin du graphique (en an, ou nun pour les
crevettes, FORMAT (13, 2X, 13). Ainsi en donnant la taille la plus petite
et la plus grande observées une année ou un groupe d’années donné, les
différent s
graphiques (périodes-zones) demandés pour cet ensenk le pourront
être superposés sans difficultés pour comparai.sons. Le programme FREQBEN est
donné dans l’annexe IX.
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A N N E X E
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P R E M I E R M O I S
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SECTEURS
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P R I S E T O T A L E
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1 3 7 8 4 1 0
F A C T E U R D E P O N D E R A T I O N :
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Exemple de sortie du programme FREQ
32
A N N E X E
V I I I
Exemple de sortie du programme FREQBEN
- 35 7 représente le code de la famille et de l'espèce
- 84
$1
l'année
-1 3
11
la période (du ler au 3ème mois)
- 0 0 5
II
la zone (seule la zone 5 est prise en compte
sur la première figure, les zones 3 et 4 sur
la seconde).
A N N E X E I X
:3 3
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A N N E X E
1 x (SUITE)
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